El mundo prospera gracias a una fuente de electricidad llamada energia Mako, obtenida del propio planeta, que ha facilitado la vida de miles de personas. Dicha energia ha sido descubierta por una compañia electrica, Shinra Inc., que poco a poco ha ganado poder hasta el punto de prácticamente gobernar el planeta. Algunos habitantes manifiestan que si la compañia continua extrayendo Mako de las entrañas del planeta las consecuencias serán terribles. En éste bando contrario a Shinra se encuentra el grupo AVALANCHA, tratado por la compañia como un grupo terrorita ya que su objetivo es detener la extracción continua de energia Mako. Cloud, un antigüo integrante de SOLDADO, la fuerza militar de Shinra, es contratado por AVALANCHA con el objetivo de realizar un sabotaje, pero trás reencontrarse con Tifa entre las filas del grupo termina por unirse definitivamente. En medio de todo esto aparece Sefirot, un legendario SOLDADO al que se le creía muerto hace años. Después del inesperado regreso de Sefirot tanto el futuro de AVALANCHA como de la propia Shinra se ven envueltos en una batalla por la salvación del planeta.